年俸制の場合でも、残業代を支払わなければいけないのでしょうか。

年俸制の場合でも、残業代の支払い義務を免れることはできません。

残業代をあらかじめ年俸に組み込んで支給する場合には、基本給と残業代部分が区別され、残業代部分については、固定残業代であることを明確にして支払っている場合には残業代の支払いとして有効と判断される可能性が高くなりますが、基本給と区別していない場合には、固定残業代の支給として無効であり、別途残業代を支払う必要があると判断される可能性が高くなります。

また、あらかじめ定めた額が実際の労働時間に対応する残業代を下回る場合には、不足額について支払いの義務があります。

【詳しい解説】
残業代については、あらかじめ一定額を手当として支払うこととしたり、割増賃金込みの賃金を設定したりすることがあります（「固定残業代」、「みなし割増賃金」等と呼ばれます）。

固定残業代の支払いは、基本給と残業代部分が区別され、残業代として支払われている額が明らかな場合に、残業代の支払いとして有効となります。
基本給と区別がされておらず、残業代としていくら支払われているか明らかでない場合には、残業代の支払いとして無効となりますので、別途残業代を支払う必要があります。
この場合、残業代の計算における基礎賃金の算定において、使用者が固定残業代と考えていた部分も算定の基礎とされますので、想定以上に残業代が高くなります。

なお、固定残業代が有効な場合、その額が、法に従って算出した残業代等の割増賃金額以上であれば問題はありませんが、これを下回る場合には、不足額について支払わなければ労働基準法違反となります。これは月給制でも年俸制でも同様です。

したがって、本件においては、年俸の中で残業代を支払っているとお考えの場合、残業代部分について明示していれば、残業代の支払いとして有効とされる可能性が高くなります。

一方で、残業代部分の明示がない場合には、残業代の支払いとして無効と判断される可能性が高くなります。
無効となった場合、別途残業代の支払いが必要となります。
また、固定残業代が判別でき、残業代の支給として有効である場合も、その残業代部分が実際の労働時間について労働基準法に基づき算定される割増賃金の額を下回るものであれば、その差額を残業代として支払わなければなりません。